一人獨資公司和個人獨資企業均是市場法律主體，并且都是有一個投資主體創立的，但是二者在本質上卻存在根本上的區別。在新《公司法》中，明確規定一個自然人股東或者一個法人股東可以設立一人獨資公司。
　　
　　一、一人獨資公司是法人，承擔有限責任
　　
　　一人獨資公司是按照《公司法》設立的，它仍然屬于法人。公司股東只以其對公司出資承擔有限責任，股東對公司的債務不直接承擔責任。
　　
　　由于有限公司都是要注冊資本的，你的注冊資本是多少，你的債務就是多少，因此不需要將個人私有財產拿來還債;而個人獨資企業因為是以其個人財產對企業債務承擔無限責任，因此個人私有財產有可能被用于還債。
　　
　　二、在稅收政策上比個人獨資企業更加有優勢
　　
　　一人獨資公司按照稅法規定需要繳納企業所得稅，而個人獨資企業不需要繳納企業所得稅，只需要繳納個人所得稅。《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收個人所得稅問題的通知》(國發〔2000〕16號)文件規定，個人獨資企業和合伙企業從2000年1月1日起，停止征收企業所得稅，比照個體工商戶生產經營所得征收個人所得稅。因此，如一人獨資公司股東為自然人，則除了繳納企業所得稅外，股東個人從公司獲得的稅后分紅還需要繳納個人所得稅;而對于法人股東設立的一人獨資公司，其所得稅政策同設立其他有限公司的稅收政策是沒有區別的。
　　
　　從所得稅角度分析，一人獨資公司除了按照33%的法定稅率繳納企業所得稅外，對實現的稅后利潤全部分配給股東部分，還要繳納20%的個人所得稅，其綜合稅負率為46.4%(33%+67%×20%)。如企業所得稅稅率為15%，其綜合稅負率為28.4%(15%+67%×20%);而獨資企業只繳納個人所得稅，按照個體工商戶生產經營所得納稅，最低稅率為5%，最高稅率(應納稅所得超過5萬元以上部分)為35%，而且還可以減除6750元的扣除數。獨資企業的投資者可按工資、薪金所得項目的費用扣除標準確定費用。
　　
　　舉例：假如某個人獨資企業年度實現利潤30萬元，稅后利潤全部分配給投資者個人;某自然人設立的一人獨資公司年度實現的利潤也為30萬元，稅后利潤也全部分配給股東個人(均不考慮企業計提公益金和應納稅所得額調整)。
　　
　　一人獨資公司需要繳納所得稅計算如下：
　　
　　應納企業所得稅為：300000×33%=99000(元);
　　
　　自然人股東應繳納個人所得稅為：(300000-99000)×20%=40200(元);合計應繳納所得稅139200元(99000+40200)。
　　
　　個人獨資企業需要繳納所得稅計算如下：
　　
　　應納個人所得稅為：300000×35%-6750=98250(元);
　　
　　計算結果，一人獨資公司比個人獨資企業多納稅40950元(139200-98250)。
　　
　　如果一人獨資公司企業所得稅稅率為15%，需要繳納所得稅計算如下：應納企業所得稅為：300000×15%=45000(元);
　　
　　自然人股東應繳納個人所得稅為：(300000-45000)×20%=51000(元);合計應繳納所得稅96000元(45000+51000)。
　　
　　可見，所得稅稅率降低后，一人獨資公司比個人獨資企業少繳納所得稅2250元(98250-96000)。雖然如此，但如果企業實現的年度應納稅所得額小于50000元，則個人獨資企業適用的個人所得稅稅率檔次要降低，稅負也會隨之降低。
　　
　　三、一人獨資公司與個人獨資企業在設立主體和條件上的區別
　　
　　(一)設立主體上，根據《公司法》第五十八條第二款的規定：“本法所稱一人獨資公司，是指只有一個自然人股東或者一個法人股東的有限責任公司。”而根據《個人獨資企業法》第二條的規定：“本法所稱個人獨資企業，是指依照本法在中國境內設立，由一個自然人投資，財產為投資人個人所有，投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任的經營實體。”
　　
　　由此可見，一人獨資公司的“一人”與個人獨資企業的“個人”的涵義并不相同，一人獨資公司的設立主體既可以是自然人，也可以是法人;而個人獨資企業的設立主體只能是自然人。
　　
　　(二)在設立條件上，兩者的差異主要體現在關于法定注冊資本最低限額的規定上。根據《公司法》第五十九條的規定：“一人獨資公司的注冊資本最低限額為人民幣10萬元，股東應當一次足額繳納公司章程規定的出資額。”相比而言，個人獨資企業的設立條件要相對寬松，根據《個人獨資企業法》第八條的規定，個人獨資企業的設立并沒有法定注冊資本最低限額，只需“有投資人申報的出資”即可。另外，根據《公司法》第二十七條的規定，一人獨資公司的貨幣出資金額不得低于有限責任公司注冊資本的30%。也就是說，股東用實物、知識產權和土地使用權等非貨幣財產作價出資金額不得高于注冊資本的70%。而個人獨資企業對出資類型，即貨幣資金或非貨幣資金占投資人申報出資的比例，并沒有作出任何強制性規定。
　　
　　綜上，就是一人獨資公司與個人獨資企業的對比。從新法可以看出，對比個人獨資企業來說更具有優勢，因為一人獨資公司是有限責任公司，并且一人獨資公司相比較其他有限責任公司來說更是降低了設立條件，更有利于廣泛吸納社會資金，對促進經濟發展和擴大就業上發揮重大作用。